บนพื้นสีทองอักษรย่อ ส. สีแดง และ ว. สีขาว อันเป็นเครื่องหมายแห่งความจงรักภักดีของประชาชน บุคลากร และนักศึกษาของมหาวิทยาลัยที่มีต่อสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีและความเป็นสิริมงคล
ประกอบตราสัญลักษณ์ ประดิษฐานภายใต้ฉัตรเจ็ดชั้นสีทอง เลข ๘ อยู่เหนือคำว่ามหาวิทยาลัย เลข ๙ อยู่เหนือคำว่า แม่ฟ้าหลวง หมายถึงสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ทรงเป็นพระราชชนนีของพระมหากษัตริย์รัชกาลที่ 8 และรัชกาลที่ 9 แห่งพระบรมราชจักรีวงศ์
ความมุ่งมั่นของมหาวิทยาลัยที่จะพัฒนาและส่งเสริมสิ่งแวดล้อมและพัฒนาคุณภาพชีวิตของปวงชนอย่างต่อเนื่อง
หมายถึง สีประจำวันพระราชสมภพ (วันอาทิตย์) ของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี
หมายถึง สีที่แสดงถึงความเจริญรุ่งเรืองของมหาวิทยาลัย
ดอกหอมนวล (ลำดวน)
ชื่อวิทยาศาสตร์ : Sphaerocoryne lefevrei (Baill.) D. M. Johnson & N. A. Murray
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้นำแถบประดับดอยตุง อันเป็นเครื่องหมายแห่งชัยชนะ และความเป็นสิริมงคลอันสูงยิ่งมาประดับไว้ที่แถบครุยวิทยฐานะของมหาวิทยาลัย
ในแถบตุงประกอบด้วย
หมายถึง สวรรค์ชั้นดาวดึงส์
หมายถึง ปีประสูติของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ซึ่งตรงกับปี พ.ศ. 2443
หมายถึง สัตว์ที่ปรากฏในศิลปวัฒนธรรมล้านนาอย่างต่อเนื่อง ซึ่งตามตำนานกล่าวถึงว่าเป็นสัตว์ที่พิทักษ์พระพุทธศาสนา
หมายถึง ปีก่อตั้งมหาวิทยาลัย ซึ่งตรงกับปีขาล พ.ศ.2541
